Der Zentralbau in Form eines griechischen Kreuzes ist im Alpenraum sehr unüblich, er erinnert an die byzantinischen Kreuzkuppelkirchen. Dabei wurden für den Kirchenbau im 12. Jh. ganze Mauerteile der Vorgängerkirche aus dem 9. Jh. verwendet. Später wurde die Kirche vom Johanniterorden als Hospizkirche genutzt. So diente etwa die zweigeschossige Vorhalle im Erdgeschoss als Aufenthaltsraum und im Obergeschoss als Schlafstätte für die Pilger.
Bemerkenswert sind die romanischen Fresken an der Außenfassade und im Inneren der Kirche, darunter das Fresko des hl. Christophorus an der äußeren Nordwand, das als älteste Christophorus Darstellung Tirols gilt. Die Wandmalereien im Inneren der Kirche aus der Mitte des 13. Jh. und 14. Jh. bilden den größten noch erhaltenen romanischen Freskenzyklus im Vinschgau.
Der Freskenzyklus
Romanische Fresken wurden in der Regel als Zyklus entworfen und reichen vom Sockel bis zum Gewölbe. In einer Zeit, in der nur wenige Menschen schreiben und lesen konnten, erzählen sie bildhaft Episoden aus der Bibel. An den Fassaden und im Inneren von St. Johann in Taufers sind besonders gut erhaltene, romanische Fresken aus der Zeit um 1220 zu sehen. Sehenswert ist unter anderem die Taufe Christi, Moses als Gesetzgeber, oder auch die schreibenden Kirchenväter. Das Christophorus-Fresko an der Nordwand wurde um das Jahr 1250 fertiggestellt.