Mit ihrer abgesetzten Rundapsis und der Flachdecke im Langhaus ist die Kirche St. Johann eine typisch romanische Kirche, die jedoch im Verlauf der Zeit immer neue bauliche Veränderungen erfuhr. So sehen wir neben den freigelegten romanischen auch wertvolle gotische Fresken, eine barocke Holzdecke und eine exemplarische Grabplatte der Grafen von Tschengelsberg sowie eine Empore aus dem Jahr 1600.
Von Bedeutung sind die zwei zeitgenössischen Freskenbilder des Malser Malers Karl Plattner aus dem Jahr 1948. Erst im Jahre 2002 wurde das Dach mit traditionellen Scharschindeln neu eingedeckt.
Das einsame Grab des Hermann Müller
Im Kirchhof von St. Johann in Prad liegt ein einsames gusseisernes Grab. Es ist das Ehrengrab des deutschen Botanikers Hermann Müller, dessen Gebeine hier ruhen. Müller starb am 25. August 1883 während einer Forschungsreise ins Ortlergebiet eines plötzlichen Todes und wurde vor Ort in Prad begraben. Der Thüringer Wissenschaftler, den Charles Darwin über alles schätzte, erkannte im Verlauf seiner Forschungstätigkeit, dass sich Blüten und Tiere, die in Wechselbeziehungen leben, evolutionär aufeinander einstellen. Posthum wurde auch eine Orchideenart nach ihm benannt.